該匯刊是迄今為止研究台灣問題最威權的資料，填補了台灣歷史文化研究在文獻資料建設方面的一項空白。

　　該匯刊內容詳實、豐富，極富學術價值，涵蓋明清及民國初期的私人著述及地方志書，新收錄了台灣地區出版的《台灣文獻匯刊》所未能收進的100余種古籍，包括大量孤本，稿本甚至珍本，完整輯錄了體現台灣與祖國大陸淵源的檔案資料，選編了記載兩岸血緣關係的族譜，包括陳水扁、呂秀蓮等民進黨人先祖的族譜，並刊入了台胞的祖傳私家文件。

　　匯刊由關係閩台的古籍、檔案資料、族譜，民間文件和契約四部分共同組成，共十輯，分百冊出版，為確保資料的原始真實性，將盡量以影印模式印刷，裝幀精美、典雅古朴、宜于收藏。

　　黨和政府高度重視匯刊的整理、編輯，發行。海峽兩岸關係協會會長汪道涵為匯刊提寫書名。以廈門大學人文學院和福建師范大學閩台區域研究中心為首的眾多學人專家奔走于國內外各大圖書館之間，經十年策劃，整理，方完成文獻浩繁的編撰工作。該匯刊具有獨一無二的威權性以及歷史、文化、經濟、政治研究價值，是大型圖書館、大型圖書商城、高校圖書館的必備叢書，對各地台辦以及大使館等工作單位以及對台研究機構而言是極具參考價值的工具書。

【第一輯】（鄭氏家族與清初南明相關史料專輯）
　　 現下存世有關明末清初的文獻比較稀有，本輯中收集的文獻基本都是首次刊出的手寫孤本和傳抄孤本，對于深入了解鄭氏事跡和南明史實，具有不可多得的史料價值。此外，由中國第一歷史檔案館整理的鄭成功家族滿文檔案，是研究明末清初相關問題的最原始文件，其價值不言而喻。

【第二輯】（康熙統一台灣史料專輯）
　　關於康熙統一台灣，是台灣當局最為忌諱的問題，因此當年編輯《台灣文獻叢刊》時，編者有意無意地迴避這部分文獻史料的搜集整理。在當前一小部分“台獨”分子日益猖獗的關口，我們把康熙統一台灣的歷史原貌呈現給廣大讀者，尤為顯得必要。

【第三輯】（閩台民間關係族譜專輯）
　　收錄福建沿海地區有大量關於移居台灣記載的民間族譜，這些族譜有力地印証了福建與台灣血緣文化關係的不可分割。

【第四輯】（台灣相關詩文集）
　　主要是清代從大陸派往台灣擔任官職或前往台灣謀生任教的知識分子們所撰寫的文獻，多為民間稿本或手抄本。這些珍貴的稿本和手抄本從各個不同的角度和層面反映了台灣社會的歷史文化面貌。對于進一步審視台灣社會文化以及與祖國的緊密聯繫，提供了更為直接的歷史證據。

【第五輯】（台灣輿地資料專輯）
　　清代台灣延續中華民族的文化道統，紛紛撰修地方志書及其他輿地文獻。但是由於當時台灣的文獻資料較為欠缺，不少台灣地方志的撰修，往往是借助于福建的人力物力而完成的。所以有相當一部分台灣地方志書的稿本、未完稿本，保存在大陸。這些文獻的刊出，相信可以大大推展台灣問題研究的向前發展。

【第六輯】（台灣事件史料專輯）
　　清代台灣由於政府管理上的混亂和民間移民社會的動盪局面，民眾暴亂時有發生。到了清代后期，日本殖民主義者野心勃勃，不斷侵犯台灣，製造出許多事件。《台灣文獻叢刊》雖然對于這些事件的文獻有所收錄，但是顧忌良多，有所隱諱。此次把許多至今為止未見治台灣史者所引用的罕見文獻整理印行，填補了《台灣文獻叢刊》的這一嚴重缺陷。

【第七輯】（林爾嘉家族及民間文書資料專輯）
　　板橋林家是清代台灣最具社會影響力的顯赫家族。其后裔林爾嘉先生又是不願與日本人妥協、在日本軍隊佔據台灣之后憤而內遷福建廈門鼓浪嶼定居的愛國人士。如此，把林爾嘉家族等與台灣相關的文件資料整理出版，能夠使我們更加認識到台灣民眾熱愛祖國的情懷。